Un organe est une structure anatomique clairement délimitée, composée de tissus organisés (« organe ») visant à remplir une fonction déterminée. Ainsi, le sein et les organes sexuels externes sont des organes. L'abord d'un organe nécessite de localiser la région à laquelle il appartient et d'en repérer les contours.
Un viscère (viscus = chair) est un organe localisé dans une cavité (le cerveau est un viscère crânien, le cœur un viscère thoracique, le foie un viscère abdominal, la vessie un viscère pelvien). Il s'agit d'un organe sous contrôle du système nerveux végétatif et dont l'activité est en rapport avec les fonctions vitales.
Si l'on exclut la neuro-anatomie (centres nerveux supérieurs), l'étude peut se fractionner en quatre parties :
La tête regroupe le neuro-crâne (boîte crânienne) et le splanchno-crâne (massif facial). À la jonction des deux parties, on trouve les organes de la vie de relation présidant à l'ouïe, la vue, l'odorat, le goût, ainsi qu'une partie de la fonction équilibratrice du corps (oreille interne) ; à la partie inféro-antérieure l'organe de la mastication, déglutition et phonation.
La face est une région plus ou moins large et aplatie, appendue à la partie antérieure de la boîte crânienne. Les organes des sens sont pairs et situés à la partie moyenne de la tête, de dehors en dedans : oreille ainsi que la sphère vestibulaire (équilibre), œil, fosse nasale. La bouche est inféro-médiane.
Le cou est la jonction entre la tête et le thorax. Il s'étend du pourtour occipito-mandibulaire à la première jonction costo-vertébrale (fig. 1-1).

C'est une région qui, sous un faible volume, renferme les voies de conduction nobles : pharyngo-larynx et trachée, œsophage, moelle allongée puis épinière.
On peut distinguer quatre régions :
L'ensemble est recouvert de la peau et d'un muscle peaucier antérieur (platysma) (fig. 1-2).

Le thorax s'étend verticalement de l'anneau formé par la première côte droite et celle de gauche (orifice supérieur du thorax) aux coupoles diaphragmatiques (situées au 4e espace intercostal à droite et 5e à gauche, se prolongeant jusqu'aux récessus inférieurs).
Le thorax est un caisson à géométrie et pression variables. Il présente à décrire un contenant (musculo-squelettique) et un contenu (viscéral). Il est intéressant de le diviser en deux moitiés, supérieure et inférieure (fig. 1-3) :

Les régions abordées ici sont les parties latérales, avec les poumons, et la région centrale ou médiastin, avec le cœur, l'œsophage et la trachée, les parois ayant été traitées par ailleurs (tome 3). Sur une symétrie de principe, il existe une différence due au débordement du cœur sur la partie gauche (fig. 1-4).


| Médiastin1 | localisation : médian |
|---|---|
| il comprend : |
– un médiastin sup. avec la trachée (en avt), l'œsophage (en arr.) – un médiastin post. avec, en arr., l'œsophage – médiastin moy. avec, dépassant sur la gauche, le cœur – médiastin ant. rétrosternal, mince |
| Régions latérales | localisation : latérales droite et gauche |
| elles comprennent : |
– à droite : plèvre et poumon droits, ses 3 lobes et son arbre bronchique – à gauche : plèvre et poumon gauche, ses 2 lobes et son arbre bronchique |

1 Étymologiquement : qui se tient (stare) au milieu (media).
L'abdomen occupe la majeure partie du tronc, s'étendant de la face inférieure des coupoles diaphragmatiques (sous-costales) au plancher pelvien, limité à la périphérie par la paroi lombo-abdominale et les parois du bassin.
Il s'agit d'un caisson hydro-pneumatique (liquides et gaz) présentant à décrire un contenant musculo-squelettique, traité par ailleurs (cf. Anatomie de l'appareil locomoteur tome 3) et un contenu viscéral.
Outre ses parois, l'abdomen enveloppe les viscères dans un sac séreux : le péritoine. Celui-ci se compose de deux feuillets modelant les parois, pour le feuillet pariétal, et les viscères, pour le feuillet viscéral. Les deux glissent, l'un par rapport à l'autre, grâce au film liquidien qu'il renferme et assurant ainsi la mobilité des viscères. Ces derniers sont donc mobiles dans la cavité abdominale, sauf aux endroits présentant des connexions conjonctives assurant le maintien, voire la fixité des organes concernés.
On décrit une partie péritonisée, la plus importante, et des parties non péritonisées, rétro-péritonéale et infra-péritonéale dont la plus importante occupe le petit bassin.
L'abdomen peut être divisé simplement en 4 cadrans (supéro-droit et supéro-gauche, inféro-droit et inféro-gauche), mais aussi, avec plus de précision, en 9 régions antérieures (fig. 1-5) par :

| 1. zone ombilicale | localisation : au centre |
|---|---|
| elle comprend : |
– en superficie : la partie centrale et concave du côlon transverse et le grand omentum qui lui est appendu – en arrière : le duodénum D3 et D4, l'angle duodéno-jéjunal, puis les anses du jéjunum |
| 2. zone épigastrique | localisation : au milieu et en haut |
| elle comprend : |
– dans l'angle infrasternal : le lobe gauche du foie – en dessous et un peu en arrière : la partie basse de l'estomac et la petite courbure, le pylore, le duodénum D1 et D2, la tête et le corps du pancréas |
| 3. zone pubienne1 | localisation : au milieu et en bas |
| elle comprend : |
– en haut : les anses de l'iléum – en bas : la partie antérieure du côlon sigmoïde et le dôme vésical lorsque la vessie est pleine |
| 4. hypochondre droit2 | localisation : en haut et à droite |
| il comprend : |
– en avant : le lobe droit du foie avec la vésicule biliaire en dessous, l'angle colique droit – en arrière : le rein droit |
| 5. hypochondre gauche | localisation : en haut et à gauche |
| il comprend : |
– en haut : le corps de l'estomac et sa grande courbure – sous la 10e côte : la rate et, à sa droite, la queue du pancréas – en bas : l'angle colique gauche (plus haut que le droit) – en arrière : le rein gauche (légèrement plus haut que le droit) |
| 6. région latérale droite3 | localisation : flanc droit |
| elle comprend : |
– verticalement : le côlon ascendant – en bas : la jonction iléo-cæcale et le cæcum |
| 7. région latérale gauche | localisation : flanc gauche |
| elle comprend : |
– verticalement : le côlon descendant – à droite du côlon : les anses jéjunales |
| 8. zone inguinale droite4 | localisation : en bas et à droite |
| elle comprend : |
– en dehors et en haut : l'appendice vermiforme – en dedans et en bas : la trompe et l'ovaire droits chez la femme |
| 9. zone inguinale gauche | localisation : en bas et à gauche |
| elle comprend : |
– en avant : le début du côlon sigmoïde – en arrière : la trompe et l'ovaire gauches chez la femme |

1 Anciennement : hypogastre.
2 Hypo = dessous et chondros = cartilages costaux (le terme d'hypocondriaque fait référence à la localisation du foie et de la vésicule avec les pathologies des personnes « bileuses », sujettes aux « crises de foie »).
3 Anciennement : flanc droit.
4 Anciennement : fosse iliaque droite.
La vue postérieure (fig. 1-6) est réduite et ne permet de que voir la projection des organes postérieurs (essentiellement le pôle inférieur des reins et les uretères ainsi qu'une petite partie des côlons ascendant et descendant).

Le petit bassin occupe la portion pelvienne (fig. 1-7) comprise entre :

Le contenant (aspect ostéo-arthro-musculaire) est traité dans le tome 3 d'Anatomie de l'appareil locomoteur concernant le tronc.
Le contenu viscéral, traité ici, comprend les organes sexuels internes masculins et féminins, ainsi que la sphère uro-rectale. Les organes sexuels externes ont été ajoutés par souci pédagogique bien que ne faisant pas partie des viscères.
Tant les coupes que le repérage anatomique situent des niveaux remarquables à connaître :
| Niveau vertébral | Os | Topographie |
|---|---|---|
| C1 | voûte palatine | |
| C3 | gonion | plan d'occlusion |
| C4 | os hyoïde | bifurcation carotidienne |
| C5 | bord sup. glande thyroïde | |
| C6 | a. thyroïdienne inf. | |
| C6-C7 | cartilage cricoïde | |
| T2 | fourchette sternale | |
| T4 | â. manubrio-sternal | bifurcation trachéale, crosse aortique et de l'azygos |
| T5 – T8 | atrium droit | |
| T6 | aorte, début de l'a. pulmonaire | |
| T7 | crosse de l'hémi-azygos accessoire | |
| T9 | foramen de la VCI, crosse de l'azygos | |
| T10 | processus xiphoïde | hiatus œsophagien, projection post. de la limite inf. des poumons, vv. sus-hépatiques |
| T12 | projection post. de la limite inf. des plèvres, hiatus aortique, cardia, tronc cœliaque, â. colique gauche | |
| L1 | vv. rénales, D1, â. colique droit | |
| L2 | D2 | |
| L3 | D3, a. mésentérique inf. | |
| L4 | crête iliaque | bifurcation aortique, ombilic |
| L4-L5 | origine de la VCI | |
| 3e EIC droit | fissure horizontale poumon droit (en avant) | |
| 4e EIC droit | coupole diaphragmatique droite (en avant) | |
| 5e EIC droit | fissure oblique poumon droit (en avant) | |
| 5e EIC gauche | fissure oblique poumon gauche (en avant) | |
| 11e côte droite | pôle sup. du rein droit (en arrière) | |
| 11e EIC gauche | pôle sup. du rein gauche (en arrière) |
Les organes et viscères sont regroupés, ci-après, selon qu'ils appartiennent au cou (l'ensemble pharyngo-laryngé qui précède l'œsophage et la trachée), à la cage thoracique (cœur et organes du médiastin), au tube digestif abdominal, ou annexés à lui, ou faisant partie de la sphère uro-génitale.
La description qui va suivre aborde chaque organe sous la forme simplifiée et systématisée d'un tableau synoptique :